Sekolah Agama Pekan Pagoh mula ditubuhkan pada 10 April 1989.Sekolah ini bertukar nama kepada Sekolah Agama Pekan Pagoh Petang bermula dari tarikh 1 Februari 1977.Pada Ogos 1999,sekolah ini yang dulunya ada dua pentadbiran iaitu guru besar pagi dan guru besar petang telah diarahkan oleh Jabatan Pendidikan Agama Johor supaya diletakkan di bawah satu pentadbiran iaitu Guru Besar petang cikgu Siti binti Md.Amin sebagai guru besar manakala cikgu Amat Asro bin Selamat sebagai penyelia sesi pagi.